No final dos anos 1980, as imagens de destruição da Amazônia começavam a ganhar destaque na imprensa nacional e mundial. O desmatamento acelerado, as queimadas, a exploração predatória de madeira e a proliferação dos garimpos de ouro exerciam grande pressão ambiental e social sobre a região. Nessa época, o ecólogo norte-americano Christopher Uhl, então pesquisador visitante da Embrapa, realizava pesquisas sobre as áreas degradadas no leste do Pará e preocupava-se com o pouco entendimento e a escassa documentação dessas transformações na paisagem Amazônica. Ele compreendeu que a escassez de pesquisas aplicadas sobre tais transformações enfraquecia o debate sobre as causas dessa degradação ambiental e as alternativas para uma Amazônia sustentável. Uhl constatou também que havia uma grande carência de profissionais de nível superior aptos a estudar esses fenômenos de maneira multidisciplinar e a reportá-los de forma didática e estratégica para os tomadores de decisão. Ele identificou, nessa crise, uma oportunidade para servir à Amazônia e, em parceria com Adalberto Veríssimo, David McGrath e Paulo Barreto, decidiu criar o Imazon, um instituto de pesquisa aplicada e multidisciplinar com o objetivo de estudar (com ênfase na abordagem empírica) e buscar soluções para os problemas cruciais de uso e conservação dos recursos naturais na Amazônia.
A ideia de criar o Imazon nasceu em 1988, mas a fundação só ocorreu em 10 de julho de 1990. Ao longo de mais de dois anos Uhl, Veríssimo, MacGrath e Barreto discutiram exaustivamente a missão, os valores e a abordagem do trabalho do futuro instituto. Para isso revisaram outras experiências institucionais no Brasil e nos trópicos úmidos e estabeleceram debates sobre a proposta de criação do Imazon com dezenas de lideranças intelectuais, sociais e políticas da Amazônia. Atualmente, Veríssimo e Barreto são pesquisadores seniores do Imazon e Chris Uhl retornou aos Estados Unidos em 1995 e é professor na Universidade Estadual da Pensilvânia. MacGrath, por sua vez, é professor do Naea (UFPA) e pesquisador associado do Ipam.
A consolidação do Imazon ao longo de décadas de existência não seria possível sem a contribuição de mais de uma centena de colaboradores que atuaram no Instituto ao longo desse tempo, de dezenas de pesquisadores visitantes e associados, e de membros dos conselhos diretor e consultivo do Instituto. Finalmente, o Imazon tem contado com uma parceria ampla e produtiva com uma série de instituições públicas, privadas e não-governamentais em suas múltiplas atividades, além da parceria com financiadores nacionais e internacionais que generosamente o têm apoiado na realização de suas atividades.