Em seus 32 anos de existência, o Imazon já contribuiu para a criação de mais de 25 milhões de hectares de unidades de conservação, sendo autor de diversos planos de manejo para o uso sustentável desses territórios. Além disso, o instituto realiza pesquisas científicas e mantém projetos de campo para que novas áreas protegidas sejam criadas e para que as já existentes possam ser protegidas e usadas para a conservação e para melhorar a qualidade de vida dos seus povos e comunidades tradicionais.
Entre os primeiros resultados positivios do Imazon em relação à conservação foi o uso de uma pesquisa publicada em parceria com o Banco Mundial sobre a dinâmica do boom-colapso, em 2000, para criação de áreas protegidas na Amazônia. Em 2006, estudos técnicos do Imazon também serviram para a criação de cinco unidades de conservação no Norte do Pará, que somam mais de 13 milhões de hectares. São elas: as Florestas Estaduais (Flotas) de Faro, do Trombetas e do Paru, a Estação Ecológica (Esec) Grão Pará e a Reserva Biológica (Rebio) Maicuru. O instituto também elaborou os planos de manejo de alguns desses territórios e segue atuando na região até hoje com projetos de conservação e desenvolvimento sustentável, por meio do Programa Áreas Protegidas.
Também em 2006, pesquisas sobre política e economia florestal do Imazon contribuíram de forma decisiva para a elaboração da nova Lei de Gestão de Florestas Públicas do Brasil, cujo principal objetivo é promover o uso sustentável dessas áreas.
Em 2021, o Imazon foi uma das instituições que lançaram o Portal Proteja, a maior biblioteca digital sobre áreas protegidas do Brasil. Nesse mesmo ano, com objetivo de divulgar a importância do maior bloco de florestas protegidas do mundo, o instituto lançou o Mapa das Áreas Protegidas do Norte do Pará. Neste ano, a organização também formou uma nova turma de Agentes Ambientais Comunitários (ACC) para proteger esses territórios, somando mais de 100 voluntárias e voluntários em atuação na região.